ด้วย ปรากฏว่านักเรียนโรงเรียนเบ็ญจะมะมหาราช ได้รับเชื้อไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ ชนิด A(H1N1) 2009 เมื่อวันจันทร์ที่ 29 มิถุนายน 2552 ที่ผ่านมา โรงเรียนได้เชิญเจ้าหน้าที่จากสาธารณสุขในพื้นที่พร้อมนายแพทย์ผู้เกี่ยวข้องมาให้คำปรึกษาหารือ เพื่อชะลอการแพร่ระบาดของโรคดังกล่าวในโรงเรียน โดยได้พิจารณาผลการสอบสวนโรคและปัจจัยเกี่ยวข้องอย่างรอบคอบแล้ว

โรงเรียนจึงปิดเรียนในวันพฤหัสบดีที่ 2 และวันศุกร์ที่ 3 กรกฎาคม 2552 เนื่องจากมีวันหยุดต่อเนื่องในเทศกาลเข้าพรรษา จึงให้นักเรียนมาเรียนตามปกติในวันพฤหัสบดีที่ 9 กรกฎาคม 2552 อนึ่ง สำหรับแนวทางป้องกันโรงเรียนได้เชิญนายแพทย์ผู้รับผิดชอบมาให้ความรู้แก่นักเรียนแล้วเมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2552 ที่ผ่านมา