ต่อมา พ.ศ. 2480 อาจารย์น้อม วนะรมย์ อาจารย์ใหญ่โรงเรียนเบ็ญจะมะมหาราช ได้ก่อสร้างหอประชุมเป็นโรงยาว โรงฝึกการฝีมือเพิ่มเติมขึ้นอีกหลายอาคาร

ที่สำคัญที่สุด ท่านได้นำเอาต้นไทรมาปลูกไว้ด้านหลังโรงเรียนใกล้กับแท้งก์น้ำให้นักเรียนทุกคนร่วมปลูก และท่านได้กล่าวว่า ลูกเบ็ญจะมะทุกคนคือลูกไทรงาม ใครจะลบหลู่ดูหมิ่นไม่ได้ ถ้าใครลบหลู่ดูหมิ่นไม่นับถือขอให้มีอันเป็นไป เป็นการสาปแช่งในขณะที่ทำการปลูกนั้น ต้นไทรงามต้นนั้นก็เจริญงอกงามขึ้นเรื่อยๆ และกลายเป็น "สัญลักษณ์" ของโรงเรียน และศิษย์เบ็ญจะมะฯ ทุกคนจะเรียกตนเองว่าเป็น ลูกไทรงาม และต่างถือต้นไทรงามนั้นเป็นที่เคารพแต่นั้นมาจนปัจจุบัน

สำหรับตราประจำโรงเรียนนั้น เมื่อแรกอาจารย์น้อมท่านได้กำหนดตราให้เป็นรูปต้นไทรมีอักษร "ร" เกี่ยวที่ลำต้นไทรมีเลข "๕" อยู่ด้านล่างมีรัศมีกระจายเป็นวงรอบต้นไทรมีชายผ้าเป็นธงปลาย 2 แฉก และเขียนตรงกลางว่า "เบ็ญจะมะมหาราช" ไว้ด้านล่าง ต่อมาได้เปลี่ยนแปลงออกแบบให้เข้ากับสมัยโดยเปลี่ยนเป็นมงกุฎครอบเลข "๕" ตั้งอยู่บนฐานดอกบัวจนทุกวันนี้ (ตรานี้ได้รับการปรับรูปแบบให้ถูกต้องสมบูรณ์ โดยนายช่างกรมศิลปากร เมื่อครั้งพิธีเปิดอาคารเรียนสิรินธร)

ส่วนสีธงของโรงเรียนนั้น เมื่อเดิมมีการแข่งขันกีฬาระหว่างโรงเรียนต่างๆ สมัยนั้นยังไม่มีอัฒจันทร์สำหรับนั่งดูกีฬา นักเรียนต่างรุมดูอยู่รอบสนามปะปนกัน ทำให้เกิดการกระทบกระทั่งกันระหว่างนักเรียนต่างโรงเรียน โรงเรียนเบ็ญจะมะมหาราชจึงได้ทำธงสามเหลี่ยม 2 ผืน ผืนหนึ่งสีเขียวอีกผืนหนึ่งสีแดง นำไปปักไว้เป็นเขตดูกีฬา กำหนดให้นักเรียนโรงเรียนเบ็ญจะมะมหาราชต้องเข้าไปยืนดูอยู่ระหว่างธง 2 ผืนนี้ ธงสีเขียวแดงจึงกลายมาเป็นสีของธงโรงเรียนจนกระทั่งบัดนี้